ILECは、設立された経緯により国連環境計画(UNEP)と非常に密接な関係を持っており、世界の湖沼の現状調査、湖沼環境管理のための研究セミナーの開催、海外技術援助事業の実施及び世界湖沼会議に対する支援等を共同で実施しています。これまでに地球環境ファシリティ（GEF）と共同で、国際越境水域評価プログラム(TWAP)、湖沼流域管理イニシアティブ(LBMI)などのプロジェクトに取組むなど、国際機関との連携を進めてきています。
国連環境計画との覚書締結
ILECはUNEPと協力協定（MOU）を締結し、統合的湖沼流域管理（ILBM）の普及活動に取組んでいます。第１回 MOUの署名式は2011年4月13日に滋賀県公館で行われ、ILEC理事長とUNEP-DEWA局長により署名が取り交わされました
2016年8月にMOUを更新し、2015年に国連サミットで採択された「持続可能な開発目標」(SDGs)の達成を支援することを盛り込みました。更に2021年12月の更新では、世界水質連合（WWQA）との連携と「湖沼の主流化」におけるイニシアチブの強化を図ること等が追加されました。